泵，對于液相色譜來說就像人體的心臟一樣，是液相色譜的核心部件。泵分為：單元泵，二元泵和四元泵。

單元泵包括一個泵組件和一個阻尼器。泵組件含有兩個大部分相同的活塞泵單元。兩個泵單元均由一個滾珠絲杠驅(qū)動器和一個帶有一個藍寶石活塞的泵頭組成，藍寶石活塞在里面作往復(fù)運動。用一個伺服-控制可變磁阻電機從兩個相反的方向來驅(qū)動兩個滾珠絲杠驅(qū)動器。滾珠絲杠驅(qū)動器的齒輪有不同的周長（比例為2:1），使第一個活塞運動速度為第二個活塞的兩倍。溶劑從泵頭的最底部進入，從泵頭的頂部離開。活塞的外徑比泵腔的內(nèi)徑要小一些，這樣可以讓溶劑充滿二者之間的間隙。根據(jù)流速的不同，第一個活塞的沖程體積為20-100 μL之間。微處理器可以控制所有流速在1μL-10 mL/min范圍內(nèi)。液體從流動相瓶流到入口主動閥，第一個泵單元的入口和入口主動閥相連，該入口主動閥的啟閉受處理器的控制，從而允許溶劑被吸入到第一個活塞泵單元。

二元泵包含兩個相同的泵，這兩個泵集成在一個腔體內(nèi)，它通過高壓混合來產(chǎn)生梯度。每個通道由一個泵組件組成，包括泵驅(qū)動器、泵頭、帶有可更換濾芯的主動輸入閥和輸出閥。兩個通道在一個低容積混合腔中連接，混合腔通過毛細管連接到緩沖單元（阻尼器）和混合器上。帶有 PTFE 過濾芯的沖洗閥裝在泵的出口處，便于向泵頭灌注流體。

四元泵包括一個真空脫氣機和一個四通道梯度泵。四通道的梯度泵包括一個高速配量閥(也稱為：多通道梯度閥，英文為MCGV)和一個泵組件。在使用四元泵是需要注意的是：當(dāng)鹽溶液和有機溶劑混合時，鹽溶液可能與有機溶劑完全混溶，而不會出現(xiàn)沉淀。但是在梯度閥的混合點、在兩種溶劑的邊界處，可能出現(xiàn)微量沉淀。重力作用使鹽顆粒沉淀下來。通常，閥的A通道用于含水/鹽溶液，而泵的B通道用于有機溶劑。如果使用的是這樣的配置，鹽將落回到鹽溶液中并被溶解。當(dāng)泵使用的不同配置（例如，D -鹽溶液，A -有機溶劑）時，鹽可能會落到有機溶劑的端口中，從而導(dǎo)致性能問題。